O relato bíblico representa a decapitação de João Batista por Herodes Antipas (em Mateus 14:1-12. Marcos 6:14-29 e Lucas 9:7-9). De acordo com os evangelhos sinóticos, Herodes mandou prender João por ele o ter admoestado por se divorciar de sua esposa (Fasélia - Phasaelis) e, ilegitimamente, tomar como amante Herodias, a esposa de seu irmão Herodes Filipe I. No aniversário de Herodes, a filha de Herodias (tradicionalmente chamada de Salomé) dançou perante o rei e seus convidados. Sua dança agradou tanto Herodes que, bêbado, ele prometeu a ela qualquer coisa que desejasse, limitando a promessa em metade de seu reino. Quando a filha perguntou à mãe o que deveria pedir, Herodias pediu que ela pedisse a cabeça de João Batista numa bandeja. Mesmo chocado com o pedido, Herodes relutantemente concordou e mandou executar João na prisão.
O historiador judeu Flávio Josefo também relata, em suas "Antiguidades Judaicas", que Herodes mandou matar João, afirmando que ele o fez "pois a grande influência que João tinha sobre o povo poderia colocar em suas [de João] mãos o poder e a vontade de levantar uma rebelião, (pois o povo parecia pronto para fazer o que quer ele pedisse), [assim Herodes] pensou que o melhor seria eliminá-lo". Ele afirma ainda que muitos dos judeus acreditavam que o desastre militar que sobreveio a Herodes pelas mãos deAretas, seu sogro (pai de Fasélia), fora uma punição por seu comportamento no caso de João.
A comemoração litúrgica da Decapitação de São João Batista é quase tão antiga quanto as comemorações de seu nascimento, que é é uma das festas mais antigas, se não a mais antiga, a serem introduzidas nas liturgias do oriente e do ocidente para homenagear um santo.
A Igreja Católica Romana celebra a festa em 29 de agosto, assim como a Igreja Luterana e a Igreja Anglicana, incluindo aí diversas províncias nacionais da Comunhão Anglicana.
A Igreja Ortodoxa e as Igrejas Católicas Orientais também celebram em 29 de agosto, só que no calendário juliano, utilizado entre outras pelas Igrejas Ortodoxas Russa, Macedônica e Sérvia, e que corresponde ao dia 11 de setembro no calendário gregoriano. O dia é sempre observado como um dia de jejum rigoroso. Em algumas culturas ortodoxas mais piedosas, o povo se recusa a comer num prato, usar facas ou comer alimentos de formato redondo neste dia.
A Igreja Apostólica Armênia celebra a Decapitação de São João Batista no sábado da Semana de Páscoa.
A Igreja Ortodoxa Síria, a Igreja Ortodoxa Malancara e a Igreja Católica Siro-Malancar comemoram o martírio de João em 7 de janeiro.
De acordo com antigas tradições, o local onde o corpo de João Batista foi enterrado foi Sebaste, perto da moderna Nablus na Cisjordânia, em já no século IV se mencionam relíquias suas sendo homenageadas ali. Os historiadores Rufino e Teodoreto relatam que um templo a João foi dessecrado ali em 362 por ordem de Juliano, o Apóstata, que queimou parte dos ossos. Uma parte das relíquias foi salva e levada a Jerusalém, depois paraAlexandria, onde, em 27 de maio de 395, elas foram depositadas na basílica recém-dedicada ao Precursor, justamente no local onde antes estava o Serapeu (Serapeum). O túmulo em Sebaste continuou, ainda assim, a ser visitado por peregrinos e São Jerônimo foi testemunha de milagres sendo realizados ali. Atualmente, o túmulo está preservado no interior da Mesquita de Nabi Yahya ("Mesquita de João Batista"), que é considerado um profeta pelo Islã.
O destino final da cabeça de João é difícil de determinar. Nicéforo[5] e Simeão Metafrástes dizem que Herodias a enterrou a na fortaleza de Machaerus (em concordância com Josefo). Outros escritores dizem que ela foi enterrada no Palácio de Herodes em Jerusalém. Ali ela foi descoberta durante a época de Constantino e foi, secretamente, levada para Emesa, na Fenícia, onde ela foi novamente escondida em um lugar que permaneceu secreto até que a localização foi novamente revelada milagrosamente em 452/3.
