José de Anchieta, nascido na ilha de Tenerife, no arquipélago das Canárias, em 19 de Março de 1534, era filho de João López de Anchieta (natural de Urrestilla, bairro da localidade de Azpeitia, em Guipúscoa, País Basco) e de Mência Diaz de Clavijo y Llarena, descendente da nobreza canária.. Foi batizado em 7 abril de 1534 na Paróquia de Nossa Senhora dos Remédios (atual Catedral de San Cristóbal de La Laguna), onde ainda existe a pia de calcário vermelho onde, segundo a tradição, o santo teria sido batizado. Sua certidão de batismo, inscrita no Livro I da Igreja dos Remédios, está preservada no Arquivo Histórico Diocesano de Tenerife, onde se lê: José, filho de Juan de Anchieta e sua esposa, foi batizado no dia 7 de abril por Juan Gutiérrez, vigário e seus padrinhos foram Domenigo Riso e Don Alonso.
Seu pai foi um revolucionário basco que tomou parte na revolta dos Comuneros contra o Imperador Carlos V na Espanha e um grande devoto da Virgem Maria.Era aparentado dos Loyola, daí o parentesco de Anchieta com o fundador da Companhia de Jesus,Inácio de Loyola. Sua mãe era natural das Ilhas Canárias, filha de judeus cristãos-novos. O avô materno, Sebastião de Llarena, era um judeu convertido do Reino de Castela. Dos doze irmãos, além dele abraçaram o sacerdócio Pedro Nuñez e Melchor.
Tendo o padre Manuel da Nóbrega, Provincial dos Jesuítas no Brasil, solicitado mais braços para a atividade de evangelização do Brasil (mesmo os fracos de engenho e os doentes do corpo), o Provincial da Ordem, Simão Rodrigues, indicou, entre outros, José de Anchieta. Desde jovem, Anchieta padecia de tuberculose óssea, que lhe causou uma escoliose, agravada durante o noviciado na Companhia de Jesus. Este fato foi determinante para que deixasse os estudos religiosos e viajasse para o Brasil. Aportou em Salvador a 13 de Julho de 1553, com menos de 20 anos de idade e vindo na armada do segundo governador-geral do Brasil, Dom Duarte da Costa com outros seis companheiros, sob a chefia do padre Luis da Grã.
Anchieta ficou menos de três meses em Salvador, partindo para a Capitania de São Vicente no princípio de outubro, com o padre jesuíta Leonardo Nunes, onde conheceria Manuel da Nóbrega e permaneceria por doze anos.[9] Anchieta abriu os caminhos do sertão, aprendendo a língua tupi, catequizando e ensinando latim aos índios. Escreveu a primeira gramática sobre uma língua do tronco tupi: a "Arte da Gramática da Língua Mais Falada na Costa do Brasil", que foi publicada em Coimbra em 1595.
No seguimento da sua ação missionária, participou da fundação, no planalto de Piratininga, do Colégio de São Paulo, um colégio de jesuítas do qual foi regente, embrião da cidade de São Paulo, junto com outros padres da Companhia, em 25 de janeiro de 1554, recebendo este nome por ser a data em que se comemora a conversão do Apóstolo São Paulo. Esta povoação contava, no primeiro ano da sua existência com 130 pessoas, das quais 36 haviam recebido o batismo.
Sabe-se que a data da fundação de São Paulo é o dia 25 de Janeiro por causa de uma carta de Anchieta aos seus superiores da Companhia de Jesus, na qual diz:
A 25 de Janeiro do Ano do Senhor de 1554 celebramos, em paupérrima e estreitíssima casinha, a primeira missa, no dia da conversão do Apóstolo São Paulo, e, por isso, a ele dedicamos nossa casa! 
O religioso cuidava não apenas de educar e catequizar os indígenas, como também de defendê-los dos abusos dos colonizadores portugueses que queriam não raro escravizá-los e tomar-lhes as mulheres e filhos. Esteve em Itanhaém e Peruíbe, no litoral sul de São Paulo, na quaresma que antecedeu a sua ida à aldeia de Iperoig, juntamente com o padre Manuel da Nóbrega, em missão de preparo para o Armistício com os Tupinambás de Ubatuba (Armistício de Iperoig). Nesse período, em 1563, intermediou as negociações entre os portugueses e os indígenas reunidos na Confederação dos Tamoios, oferecendo-se Anchieta como refém dos tamoios em Iperoig, enquanto o padre Manuel da Nóbrega retornou a São Vicente juntamente com Cunhambebe (filho) para ultimar as negociações de paz entre os indígenas e os portugueses.
Durante este tempo em que passou entre os gentios, compôs o "Poema à Virgem". Segundo uma tradição, teria escrito nas areias da praia e memorizado o poema, e apenas mais tarde, em São Vicente, o teria trasladado para o papel. Ainda segundo a tradição, foi também durante o cativeiro que Anchieta teria em tese "levitado" entre os indígenas, os quais, imbuídos de grande pavor, pensavam tratar-se de um feiticeiro.
Lutou contra os franceses estabelecidos na França Antártica na baía da Guanabara; foi companheiro de Estácio de Sá, a quem assistiu em seus últimos momentos (1567). Em 1566, foi enviado à Capitania da Bahia com o encargo de informar ao governador Mem de Sá do andamento da guerra contra os franceses, possibilitando o envio de reforços portugueses ao Rio de Janeiro. Por esta época, foi ordenado sacerdote aos 32 anos de idade.
Dirigiu o Colégio dos Jesuítas do Rio de Janeiro por três anos, de 1570 a 1573. Em 1569, fundou a povoação de Reritiba (ou Iriritiba), atual Anchieta, no Espírito Santo. Em 1577, foi nomeado Provincial da Companhia de Jesus no Brasil, função que exerceu por dez anos, sendo substituído em 1587 a seu próprio pedido. Retirou-se para Reritiba, mas teve ainda de dirigir o Colégio do Jesuítas em Vitória, no Espírito Santo. Em 1595, obteve dispensa dessas funções e conseguiu retirar-se definitivamente para Reritiba onde veio a falecer, sendo sepultado em Vitória.
A 27 de fevereiro de 2014, o Papa Francisco anunciou que o Padre Anchieta seria canonizado em Roma, em abril de 2014. Após um processo de canonização de mais de 400 anos, o decreto foi assinado a 3 de abril de 2014. Em 24 de abril realizou-se a cerimônia de Ação de Graças, presidida pelo Papa, realizada na Igreja de Santo Inácio de Loyola de Roma. O Padre Anchieta é o segundo santo nativo das Ilhas Canárias, depois de Pedro de Betancur, cuja festa litúrgica se comemora em 24 de abril. Foi uma canonização por decreto ou canonização equivalente, sendo a sexta canonização pelo Papa Francisco, bem como o segundo jesuíta a ser canonizado pelo próprio Papa, depois do francês Pedro Fabro. Da mesma forma, foi a primeira canonização de 2014.
O processo durou 417 anos e foi um dos mais longos da história. Não foi necessário a comprovação de um segundo milagre para a canonização. No caso de São José de Anchieta, houve a confirmação de apenas um milagre, antes de sua beatificação.
No dia 3 de abril de 2014, o Papa Francisco assinou o decreto que proclama a santidade do Padre Anchieta..
